另外，对于个人住房信息联网与受法律保护的公民隐私权是否存在矛盾也是业内争议的问题。住建部正与各地政府签署“安全协议”的消息一经公布，立即有专家表示担忧称，如果签订“安全协议”的情况属实，将意味着联网工作的“反腐属性”被大大降低，但也有观点认为，住房信息联网这一制度本来就不是用来反腐的，而是让政府部门掌握个人房产信息，纯粹是为了公共管理和经济的目的。对此，顾云昌等专家也认为，除公务员外，公民的个人财产属于个人隐私，就算500个城市住房信息联网了，网上所包含的非公务员公民的个人住房信息也只能在内部使用不能面向所有人公开。

在顾云昌看来，500个城市个人住房信息联网扩围兑现起来并不是十分困难，但真正能从该系统中获取准确的数据却不容易。不过正如一位业内人士所说，不管目前遭遇多大阻力，500个城市住房信息联网计划不能因无法实现而不了了之。